A vulkanikus hegységekre jellemzően a Kelemen-havasok folyóvizei, a Maros és a Beszterce mellékfolyói sugárszerű lefutásúak. Jelentősebb a Fekete-patak, amelyik az ÉK-i kráterből gyűjti össze a vizeket, és a Besztercébe ömlik. A Ny-i kráter vizeit a Borgói-Beszterce gyűjti össze, ami a Sajóba ömlik, az ÉK-ieket a Kis-Kelemen patak, az ÉNy-iakat pedig a Dorna vezeti le. A havas D-i oldalán közvetlen a Marosba ömlenek: a Bisztra-, Galonya-, Visa-, Ratosnya-, Ilva-, Zebrák-patakok. A Nagy-Kelemen-patak DK-i irányba tart. A Lomás-, Büdös- (Puturosul-), Vajda- (Voievodeasa-) patakok Maroshévízre jutnak a Toplica patak közvetítésével, amely a Marosba ömlik.
Természetes tavak: az ÉNy-i térségben levő Tündér-tó (Tául Zánelor) és a Rekettyés csúcs DK-i oldalában levő glaciális eredetű Jézer- (Iezer-) tó. Két mesterséges tava a Kolibica- (ld. E11) és a Féti-tó.

• Beszterce
• Lut
• Maros
• Szamos